REFMAC (CCP4: Supported Program)
User's manual for the program refmac_5.0.*
EXAMPLE of user suuplied ligand description
data_comp_list loop_ _chem_comp.id _chem_comp.three_letter_code _chem_comp.name _chem_comp.group _chem_comp.number_atoms_all _chem_comp.number_atoms_nh _chem_comp.desc_level MO6 MO6 'Hydrated MG ion ' non-polymer 19 7 . NI5 NI5 'Nickel ion ' non-polymer 6 6 . data_comp_MO6 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.type_energy _chem_comp_atom.partial_charge MO6 O6 O OH2 0.000 MO6 HO61 H HOH2 0.000 MO6 HO62 H HOH2 0.000 MO6 MG MG MG 0.000 MO6 O5 O OH2 0.000 MO6 HO52 H HOH2 0.000 MO6 HO51 H HOH2 0.000 MO6 O2 O OH2 0.000 MO6 HO22 H HOH2 0.000 MO6 HO21 H HOH2 0.000 MO6 O3 O OH2 0.000 MO6 HO32 H HOH2 0.000 MO6 HO31 H HOH2 0.000 MO6 O4 O OH2 0.000 MO6 HO42 H HOH2 0.000 MO6 HO41 H HOH2 0.000 MO6 O1 O OH2 0.000 MO6 HO12 H HOH2 0.000 MO6 HO11 H HOH2 0.000 loop_ _chem_comp_tree.comp_id _chem_comp_tree.atom_id _chem_comp_tree.atom_back _chem_comp_tree.atom_forward _chem_comp_tree.connect_type MO6 O6 n/a MG START MO6 HO61 O6 . . MO6 HO62 O6 . . MO6 MG O6 O1 . MO6 O5 MG HO51 . MO6 HO52 O5 . . MO6 HO51 O5 . . MO6 O2 MG HO21 . MO6 HO22 O2 . . MO6 HO21 O2 . . MO6 O3 MG HO31 . MO6 HO32 O3 . . MO6 HO31 O3 . . MO6 O4 MG HO41 . MO6 HO42 O4 . . MO6 HO41 O4 . . MO6 O1 MG HO11 . MO6 HO12 O1 . . MO6 HO11 O1 . END loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.type _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd MO6 HO61 O6 coval 0.960 0.020 MO6 HO62 O6 coval 0.960 0.020 MO6 MG O6 coval 2.075 0.020 MO6 O5 MG coval 2.075 0.020 MO6 HO52 O5 coval 0.960 0.020 MO6 HO51 O5 coval 0.960 0.020 MO6 O2 MG coval 2.075 0.020 MO6 HO22 O2 coval 0.960 0.020 MO6 HO21 O2 coval 0.960 0.020 MO6 O3 MG coval 2.075 0.020 MO6 HO32 O3 coval 0.960 0.020 MO6 HO31 O3 coval 0.960 0.020 MO6 O4 MG coval 2.075 0.020 MO6 HO42 O4 coval 0.960 0.020 MO6 HO41 O4 coval 0.960 0.020 MO6 O1 MG coval 2.075 0.020 MO6 HO12 O1 coval 0.960 0.020 MO6 HO11 O1 coval 0.960 0.020 loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd MO6 HO61 O6 HO62 104.500 3.000 MO6 HO61 O6 MG 120.000 3.000 MO6 HO62 O6 MG 120.000 3.000 MO6 O6 MG O5 180.000 3.000 MO6 O6 MG O2 90.000 3.000 MO6 O6 MG O3 90.000 3.000 MO6 O6 MG O4 90.000 3.000 MO6 O6 MG O1 90.000 3.000 MO6 O5 MG O2 90.000 3.000 MO6 O5 MG O3 90.000 3.000 MO6 O2 MG O3 90.000 3.000 MO6 O5 MG O4 90.000 3.000 MO6 O2 MG O4 180.000 3.000 MO6 O3 MG O4 90.000 3.000 MO6 O5 MG O1 90.000 3.000 MO6 O2 MG O1 90.000 3.000 MO6 O3 MG O1 180.000 3.000 MO6 O4 MG O1 90.000 3.000 MO6 MG O5 HO52 120.000 3.000 MO6 MG O5 HO51 120.000 3.000 MO6 HO52 O5 HO51 104.500 3.000 MO6 MG O2 HO22 120.000 3.000 MO6 MG O2 HO21 120.000 3.000 MO6 HO22 O2 HO21 104.500 3.000 MO6 MG O3 HO32 120.000 3.000 MO6 MG O3 HO31 120.000 3.000 MO6 HO32 O3 HO31 104.500 3.000 MO6 MG O4 HO42 120.000 3.000 MO6 MG O4 HO41 120.000 3.000 MO6 HO42 O4 HO41 104.500 3.000 MO6 MG O1 HO12 120.000 3.000 MO6 MG O1 HO11 120.000 3.000 MO6 HO12 O1 HO11 104.500 3.000 loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 _chem_comp_tor.value_angle _chem_comp_tor.value_angle_esd _chem_comp_tor.period MO6 var_1 O6 MG O5 HO51 0.000 20.000 1 MO6 var_2 O6 MG O2 HO21 0.000 20.000 1 MO6 var_3 O6 MG O3 HO31 0.000 20.000 1 MO6 var_4 O6 MG O4 HO41 0.000 20.000 1 MO6 var_5 O6 MG O1 HO11 0.000 20.000 1 # # --- DESCRIPTION OF MONOMERS --- # data_comp_NI5 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.type_energy _chem_comp_atom.partial_charge NI5 O5 O O 0.000 NI5 NI NI NI 0.000 NI5 O1 O O 0.000 NI5 O4 O O 0.000 NI5 O2 O O 0.000 NI5 O3 O O 0.000 loop_ _chem_comp_tree.comp_id _chem_comp_tree.atom_id _chem_comp_tree.atom_back _chem_comp_tree.atom_forward _chem_comp_tree.connect_type NI5 O5 n/a NI START NI5 NI O5 O3 . NI5 O1 NI . . NI5 O4 NI . . NI5 O2 NI . . NI5 O3 NI . END loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.type _chem_comp_bond.value_dist _chem_comp_bond.value_dist_esd NI5 NI O5 coval 2.100 0.020 NI5 O1 NI coval 2.100 0.020 NI5 O4 NI coval 2.100 0.020 NI5 O2 NI coval 2.100 0.020 NI5 O3 NI coval 2.100 0.020 loop_ _chem_comp_angle.comp_id _chem_comp_angle.atom_id_1 _chem_comp_angle.atom_id_2 _chem_comp_angle.atom_id_3 _chem_comp_angle.value_angle _chem_comp_angle.value_angle_esd NI5 O5 NI O1 90.000 3.000 NI5 O5 NI O4 90.000 3.000 NI5 O5 NI O2 90.000 3.000 NI5 O5 NI O3 90.000 3.000 NI5 O1 NI O4 90.000 3.000 NI5 O1 NI O2 180.000 3.000 NI5 O4 NI O2 90.000 3.000 NI5 O1 NI O3 90.000 3.000 NI5 O4 NI O3 180.000 3.000 NI5 O2 NI O3 90.000 3.000 # ------------------------------------------------------ # ------------------------------------------------------