#!/bin/sh

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# A simple Procedure  for finding water peaks. They can be compared with
# the ones from toxd.pdb
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set -e
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# Remove the original waters from toxd
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pdbset XYZIN $CEXAM/toxd/toxd.pdb XYZOUT $CCP4_SCR/temp1.pdb << eof-set
# select protein atoms only
SELECT CHAIN A 
eof-set
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# Calculate sfs for final coordinates -
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sfall    			\
HKLIN $CEXAM/toxd/toxd.mtz \
HKLOUT $CCP4_SCR/toxd.mtz  \
XYZIN $CCP4_SCR/temp1.pdb \
<< END-sfall 
MODE SFCALC XYZIN HKLIN
FORM NGAU 2
RESO  10 2.0 40
RSCB  6 2.0
BADD 0
LABI FP=FTOXD3 SIGFP=SIGFTOXD3
LABO FC=FC PHIC=AC
END-sfall
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#  Scale the Fc's to the Fo's
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rstats hklin $CCP4_SCR/toxd.mtz hklout $CCP4_SCR/toxd_sc.mtz <<-eof-rstats 
	LABIN FP=FTOXD3 SIGFP=SIGFTOXD3 FC=FC PHIC=AC
	TITLE Fc scaled to Fo
        OUTPUT FOFC
        PROCESS FCAL
	RESOLUTION 10.0 2.0
        WEIGHTING NONE
        END
eof-rstats
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# Fo-Fc map from final coordintes.  
########################################################################
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fft \
HKLIN $CCP4_SCR/toxd_sc.mtz  \
MAPOUT $CCP4_SCR/toxd_fo-fc.map  \
<< END-fft
RESO 10 2.0
SCALE F1 1.0 0.0
SCALE F2 1.0 0.0
GRID 152 80 48
XYZLIM 0 151 0 79 0 12
BINMAPOUT
LABI F1=FTOXD3 SIG1=SIGFTOXD3 F2=FC PHI=AC
END-fft
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#  run mapmask to cover molecule
mapmask    \
XYZIN $CCP4_SCR/temp1.pdb \
 MAPIN  $CCP4_SCR/toxd_fo-fc.map \
 MAPOUT  $CCP4_SCR/toxd_fo-fc.ext \
<< END 
border 3.0
mode MAPIN
end
END
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#  Some peaks may appear twice since map has been extended.
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peakmax                 \
 XYZOUT $CCP4_SCR/toxd_peaks.pdb \
 MAPIN  $CCP4_SCR/toxd_fo-fc.ext \
<< END-peakmax
NUMPEAKS 1200
THRESHOLD RMS 1.5
END-peakmax
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# run atpeak to check distances within 3.6A
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watpeak                  \
PEAKS $CCP4_SCR/toxd_peaks.pdb \
XYZIN $CCP4_SCR/temp1.pdb \
xyzout $CCP4_SCR/toxd_waters.pdb \
<<END-watpeak
TITLE  Toxd contacts
DISTANCE 3.6 2.0
SYMMETRY 19
!HETATOMONLY ! use if only distances from O and N wanted
END-watpeak
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